Le thème Hydrographie de le BD TOPO® contient le réseau hydrographique : les tronçons hydrographiques, les surfaces d’eau, les réservoirs et autres points d’eau. Ce thème comprend également les hydronymes.

L'AFB et l'IGN coproduisent le nouveau référentiel hydrographique à grande échelle, la BD TOPAGE®. La même base de production étant utilisée pour La BD TOPAGE® et le thème hydrographique de la BD TOPO®, ce dernier bénéficie des enrichissements réalisés dans le cadre de la production de la BD TOPAGE®. Ils sont interopérables entre eux et avec les autres couches du RGE®.